O Fundo de População das Nações Unidas (UNFPA) iniciou suas atividades em 1969 como Fundo das Nações Unidas para Atividades Populacionais -- do inglês United Nations Fund for Population Activities.

O UNFPA era originalmente administrado pelo Programa das Nações Unidas para o Desenvolvimento (PNUD). Em 1971, a Assembléia Gerald as Nações Unidas designou ao UNFPA um papel de destaque no âmbito do Sistema ONU para a promoção de programas de população. Um ano mais tarde, em reconhecimento ao crescimento de seus recursos e alcance de suas operações, o UNFPA foi colocado diretamente sob a responsabilidade da Assembléia Geral da ONU, conferindo ao Fundo o mesmo status que o PNUD e o UNICEF.

Em 1979, a Assembléia Geral confirmou que o UNFPA seria um órgão auxiliar da Assembléia Geral. Em 1980, o UNFPA tornou-se membro efetivo do Comitê Administrativo de Coordenação, que congrega os executivos chefes de todas as agências das Nações Unidas para coordenar o trabalho do Sistema ONU.

Em 1987, o UNFPA recebeu sua denominação atual -- Fundo de População das Nações Unidas (do inglês United Nations Population Fund), mas a sigla, UNFPA, foi mantida.

Em 1993, a Assembléia Geral transformou as diretorias do UNICEF  e UNDP/UNFPA em conselhos executivos, sujeitos à autoridade do ECOSOC. O Conselho Executivo é composto de 36 membros: oito de estados da África, sete da Ásia e do Pacífico, quatro de países da Europa Oriental, cinco da América Latina e do Caribe, e doze da Europa Ocidental e outros Estados.

Após a Conferência Internacional sobre População e Desenvolvimento (CIPD), realizada no Cairo em 1994, o UNFPA foi designado como agência líder da ONU para acompanhar e implementar o Programa de Ação da conferência. 

O Programa de Ação do Cairo tornou-se a pedra fundamental do trabalho do UNFPA. Desde 1994, sua atuação vem sendo regida pelas diretrizes consensuadas na CIPD.